Selection of reliable reference genes in Colletotrichum scovillei during different growth stages, host interactions, and plant extract treatment for qRT-PCR

La selección de un gen de control interno fiable es fundamental para la PCR cuantitativa en tiempo real, que es un método rápido, altamente sensible y sencillo para evaluar los niveles de expresión génica en diferentes muestras o tejidos. Colletotrichum scovillei, que pertenece al complejo de especies de C. acutatum, es una especie común y agresiva que puede causar antracnosis en los chiles. Sin embargo, aún no se han identificado genes de referencia estables para C. scovillei. En nuestro estudio, se seleccionaron y validaron genes de referencia en C. scovillei durante diferentes etapas de crecimiento, incluyendo conidios, germinación conidal y crecimiento de micelio, durante las interacciones del huésped y tras el tratamiento con el disolvente común 0,5% dimetilsulfóxido (DMSO) y extractos vegetales con actividad antifúngica frente a C. scovillei. Se seleccionaron ocho genes de referencia candidatos (CsUCE, CsCK, CsTBP, CsTIF, CsPP2A, CsTUB, CsCAL y CsNADH) de C. scovillei basándose en datos transcriptómicos y genómicos. Se utilizaron varios métodos estadísticos, incluyendo el umbral del ciclo de cuantificación comparativa (Ct), geNorm, NormFinder y Bestkeeper, para evaluar la estabilidad de los transcritos génicos de referencia. Los resultados indicaron que CsPP2A tuvo mejor estabilidad durante la etapa de crecimiento de C. scovillei, CsTUB tuvo la mejor estabilidad durante las interacciones con el huésped, y CsUCE fue más estable tras el tratamiento con el disolvente general 0,5% DMSO y los extractos de Cestrum glanduliferum kerber ex Francey. Nuestro estudio proporciona el gen de referencia más adecuado para futuros estudios que cuantifiquen los niveles de expresión génica objetivo en C. scovillei bajo diferentes condiciones.